.
├── 1.1_QC
│ ├── 10_nanoplot
│ │ ├── 20_nanoplot_summary_file
│ │ ├── barcode62
│ │ ├── barcode63
│ │ └── barcode64
│ └── 20_chopper
├── 1.2_assembly
│ ├── 10_results_assembly_flye
│ │ ├── cross_assembly
│ │ └── single_assemblies
│ ├── 20_results_assessment_vclust
│ │ ├── cross_assembly
│ │ └── single_assemblies
│ ├── 30_results_assessment_quast
│ │ ├── cross_assembly
│ │ └── single_assemblies
│ └── 40_results_alignment_minimap2
├── 1.3_virus_identification
│ ├── 10_jaeger
│ │ └── results_jaeger
│ ├── 20_results_assessment_checkv
│ │ ├── cross_assembly
│ │ └── single_assemblies
│ └── 40_results_filter_contigs
├── 1.4_annotation
│ ├── 10_pharokka
│ │ ├── 11_selected_contig
│ │ └── logs
│ └── 20_plot_viral_genome
├── 2.2_taxonomy
│ ├── 10_vcontact_results
│ └── 20_genomad_results
│ └── assembly_annotate
├── data
│ ├── alignments
│ │ ├── cross_assembly
│ │ └── single_assemblies
│ └── sequences
├── py3env
│ ├── bin
│ ├── include
│ ├── lib
│ │ └── python3.9
│ ├── lib64
│ └── share
│ └── man
└── python_scripts
├── annotation
├── assembly
├── host_prediction
├── identify
└── qc